Perkembangan Organisasi Dinas Perkebunan Provinsi Kalimantan mempunyai sejarah yang cukup panjang, yaitu dimulai dengan dibentuknya Kantor Karet cabang Kalimantan Timur pada tahun 1952 dan Yayasan Karet Kalimantan Timur (cabang Kalimantan Selatan) tahun 1957.

Kedua lembaga ini kemudian digabung menjadi Dinas Karet pada tahun 1963 dan memasuki awal Pelita I (April 1969) Dinas Karet diubah namanya menjadi Dinas Perkebunan Rakyat Kalimantan Timur. Pada perkembangan selanjutnya melalui Perda No. 6 tahun 1978 yang disempurnakan lagi dengan Perda No. 6 tahun 1984 menjadi Dinas Perkebunan Propinsi Dati I Kalimantan Timur. Kemudian melalui Surat Keputusan Gubernur Propinsi Kalimantan Timur Nomor 03 dan Nomor 16 tahun 2001, Dinas Perkebunan Provinsi Kalimantan Timur kembali mengalami perubahan, lalu terakhir struktur organisasi Dinas Perkebunan Propinsi Kalimantan Timur disempurnakan melalui Perda Nomor 04 tahun 2003 dan Keputusan Gubernur Kalimantan Timur Nomor 03 tahun 2004.